پژوهشکده هوافضا در تاریخ ۱۳۷۵/۳/۲۴ طبق موافقت اصولی شورای گسترش آموزش عالی به منظور انجام تحقیقات هوافضایی، توسط وزارت علوم، تحقیقات و فناوری و با ابلاغ وزیر وقت پایهگذاری شد و سپس در تاریخ ۱۳۷۷/۹/۱۸ موافقت قطعی آن صادر گردید؛ متعاقباً، به استناد مصوبه شماره ۷۷۶۵/۲۲ مورخ ۱۳۸۳/۱۰/۲۷ شورای گسترش آموزش عالی موافقت قطعی مبنی بر ارتقاء پژوهشکده به پژوهشگاه صورت پذیرفت. در همین راستا و به منظور تحقق اهداف پیشبینیشده، فعالیتهای مجموعه در قالب بخشهای زیر سازماندهی گردید:
- پژوهشکده علوم و فناوری هوایی
- پژوهشکده سامانه فضانوردی
- پژوهشکده مدیریت، حقوق و استانداردهای هوافضایی
- گروه پژوهشی فیزیولوژی هوافضایی
- کانون تفکر، آیندهاندیشی و راهبردی هوافضایی