پرچمی که بالای گنبدهای مطهر ائمه اطهار علیهم السلام نصب شده، نشانه خونخواهی است و چون تقاص خون امام علی (ع) توسط فرزند بزرگوار ایشان، امام حسن (ع) از ابن ملجم ملعون گرفته شد، گنبد نورانی حرم آن حضرت پرچم ندارد.
به گفته این کارشناس مسائل دینی، فرضیههای زیادی درباره نداشتن پرچم بر گنبد امام علی (ع) وجود دارد که اثبات دلیل قطعی نیازمند تحقیق و بررسی دقیق تاریخی است.