در آییننامه تاکید شده است که سازمان امور مالیاتی کشور موظف است در اجرای ماده ۱۱ قانون جهش تولید دانشبنیان؛ معادل هزینههای تحقیق و توسعه شرکتها و موسسات متقاضی را که به تایید معاونت علمی، فناوری و اقتصاد دانشبنیان ریاست جمهوری رسیده است به عنوان اعتبار مالیاتی محسوب کند؛ به نحوی که معادل هزینههای تحقیق و توسعه از سرجمع اعتبار مالیاتی همان سال یا سالهای آتی شرکتهای یاد شده کم شود.